La dénomination « Bateaux Mouches » est une marque française déposée et enregistrée depuis 1950 par la "Compagnie des Bateaux Mouches".

Le terme bateau-mouche existait au XIX^e siècle pour désigner des embarcations qui n’avaient qu’un but utilitaire et ne servaient qu’au transport de marchandises et éventuellement de passagers d’un lieu vers un autre sur divers fleuves et canaux.

C'est à l'occasion de l'exposition universelle de 1867 que les premiers bateaux-mouches firent leur entrée dans la capitale. À la suite d'un concours lancé par les organisateurs de l'exposition, le constructeur naval lyonnais Michel Félizat (associé à d'autres lyonnais) remporta le prix et achemina par la Saône, le canal de Bourgogne, l'Yonne et la Seine, une trentaine d'exemplaires de ses bateaux à passagers construits dans ses ateliers implantés dans le quartier de la Mouche (d'où leur nom), au sud de Lyon.

Après la guerre de 1939-1945, alors que le transport fluvial de voyageurs disparaissait au profit des transports terrestres (voies sur berges) ou souterrains (Métropolitains), Jean Bruel, fondateur de la Compagnie des Bateaux Mouches, a acquis un des derniers bateaux ayant été construits pour l’exposition universelle de Paris, afin de proposer des promenades touristiques sur la Seine.